Bacon regarde encore les trois termes Deus, Homo, Natura comme constituant trois objets de la connaissance distincts. Mais la priorité est accordée à la philosophie naturelle à découvrir selon des méthodes expérimentales.

Descartes aussi s’attache à la physique, qu’il prétend expliquer selon des modèles mathématiques.

Au XIXe siècle Auguste Comte, avec la loi des trois états, détourne complétement la vision traditionnelle (car il y a là un exemple assez curieux de la façon dont l’esprit moderne peut dénaturer une donnée d’origine traditionnelle, lorsqu’il s’avise de s’en emparer au lieu de la rejeter purement et simplement ‘ p. 168).

L’erreur fondamentale de Comte est de s’imaginer que, quel que soit le genre de spéculation auquel l’homme s’est livré, il ne s’est jamais proposé rien d’autre que l’explication des phénomènes naturels. Donc, toute connaissance serait une tentative plus ou moins imparfaite d’explication de ces phénomènes.

Auguste Comte trouve trois étapes dans l’explication du monde: « l’état théologique », qui aboutit à l’idée de Dieu, « l’état métaphysique », qui aboutit à l’idée de Nature, et « l’état positif », qui aboutit à l’idée d’Homme. … et même, en réalité, ce «monothéisme» seul a existé toujours et partout, sauf, du fait de l’incompréhension du vulgaire et dans un état d’extrême dégénérescence de certaines formes traditionnelles.“ (p. 169)

René Guénon, La grande triade (extraits)